崇明县水利排灌(河道)管理所属自收自支事业单位，下设党总支办公室、行政办公室、财务科、劳动工资科、排灌管理科、工程建设科、河道管理科、河道稽查科、总务科。作为县水务局的一个职能部门，主管全县农田水利、灌溉排涝等水利工程规划建设等方面的业务工作。河道管理所主要职能是直接管理“1环29竖”566.3公里的市县级河道；对占用市县级河道陆域、水域审批；指导和督促乡镇横河、村级泯沟的管理工作；指导、督促、管理全县十五个河道保洁社。